Ein sechsköpfiger Vorstand – geleitet vom 1. Vorsitzenden – verantwortet Ausrichtung und Weiterentwicklung der Fachgesellschaft. Die Amtszeit des 1. Vorsitzenden beginnt jeweils nach einem Internistenkongress und endet mit dem nächstjährigen, den er als Präsident ausrichtet. Im 4. Amtsjahr steht er dem neuen Vorsitzenden beratend zur Verfügung. Der Vorstand setzt sich aus drei weiteren stellvertretenden Vorsitzenden, Generalsekretär und Kassenführer zusammen.

Der Ausschuss der DGIM ist der Beirat des Vorstandes. Er berät den Vorstand in wichtigen internistischen Fragen. Ihm gehören gewählte Mitglieder der Fachgesellschaft, Repräsentanten der internistischen Schwerpunktgesellschaften und des Berufsverbandes Deutscher Internisten (BDI), der Sprecher der Young Internists sowie die Vertreter der schweizerischen und österreichischen Internistengesellschaft (SGIAM; ÖGIM) an.